再然后是现在正在寻找的水原麻美所在的【幽灵机关】，他们的行动极致隐秘，成员结构高度分散，分布在各行各业之中，甚至有不少已经重新打入了津神集团内部——水原麻美就是一个典型例子，她甚至成为了作为下一任神巫女的爱丽丝的助理，并主导策划了将爱丽丝送往江台的计划。

——虽然这个计划完全是管杀不管埋，爱丽丝刚到江台就被拐卖了，要不是遇到入珠姐，差点直接触发战败CG。

接着是【夜羽会】，他们是如今基金会残部的科研和生产部门，他们手里掌握着一些隐藏在荒野里的地下工厂，在为【抵抗阵线】等组织提供武器装备支援。

听中塚大悟的叙述，【夜羽会】和【幽灵机关】所秉持的理念比较接近，主张科学理性博爱正义等等，也因此实际上与其他残部组织的关系不算太好。

不过不少人还需要夜羽会来提供武器，所以就算理念不合也会合作。

至于幽灵机关，许多人都想要得到他们的帮助来获取津神集团的行动情报，或对集团高级官员进行刺杀，只不过前者他们获取的情报只会通过蛛巢来进行转述，后者则是完全拒绝，根本不参与其他残部组织主导的刺杀行动，因此关系闹得非常僵。

与【抵抗阵线】类似的武装对抗组织，还有一个叫做【怨悼联合】，人数比抵抗阵线要少很多，但是行为更加激进。

依照中塚大悟的说法，他们的行为已经和基金会“守护文明，解放人类”的理想没有半点关系了，纯粹是为了向津神集团及北美分部的叛徒来进行复仇。

据说他们内部甚至还使用血誓和一些宗教性质的仪式来维持忠诚，并对各个津神集团控制下的城市发起了多次恐怖袭击。

因为这种极端的做法，即便都是武装组织，与抵抗阵线的关系却非常差。

但是还有更极端的，就是【终焉净化】，听名字也知道，他们的里面就是干脆一切毁灭算了，满脑子想的都是夺取毁灭性武器对津神集团关键城市进行归零式打击。

不过由于人数太少，缺少工业和科研基础，也没有其他组织愿意和他们合作提供必需品，所以实际上更像是一群自嗨的精神病人，据说现在已经开始研究黑魔法了。