在剧情中，绫波丽驾驶零号机对战最后一个使徒的时候，使徒侵蚀了零号机。

为了消灭使徒，绫波丽操控零号机反转了 AT 立场，成功地将侵蚀了零号机的使徒吸入其中，随后控制零号机自爆，与使徒一同毁灭。

然而，就在绫波丽自爆零号机并壮烈牺牲的瞬间，一个全新的绫波丽如幽灵般迅速浮现，仿佛她从未离去，成为了前者的替代品。

更令人惊讶的是，在 NERV 的地下基地里，隐藏着一个神秘的实验室，里面竟然摆满了绫波丽的克隆体。

显然，这些克隆体的存在就是为了在绫波丽不幸牺牲时，能够立刻有一个新的绫波丽顶替她的位置，继续执行任务。

这无疑证明了克隆技术在剧中已经达到了相当高的水平。

那么，既然绫波丽可以以复数形式存在，为何每次只有一个绫波丽被派去驾驶零号机呢？

答案似乎只有一个——绫波丽的灵魂。

在吞噬了多个使徒灵魂之后，洛亚的灵魂开始经历一场惊人的蜕变。他的意识逐渐超越了人类的范畴，向着一种非人存在的形态演化。

借助使徒之躯的独特视角，洛亚注意到了绫波丽身上一些与众不同的地方。

一般来说，作为一个克隆人，绫波丽的灵魂应该是极其微弱甚至是不存在的，但事实却并非如此。

绫波丽不仅拥有灵魂，而且这个灵魂还散发出一种古老而强大的气息。

这种异常现象引起了洛亚的高度关注。他开始深入研究绫波丽的灵魂，发现其中似乎隐藏着某种秘密。

当绫波丽融入莉莉丝的躯体后，莉莉丝竟然从漫长的沉睡中苏醒过来，这让洛亚有理由怀疑，绫波丽的体内可能蕴含着一部分莉莉丝的灵魂。

进一步的推测让洛亚意识到，绫波丽和自由天使之间可能存在着某种相似之处。

自由天使是由完整的亚当灵魂与人类细胞混合而成的生命，而绫波丽则是由一部分莉莉丝灵魂与碇唯的细胞融合产生的。

然而，由于绫波丽的灵魂并不完整，这导致她的实力相对较弱。

也许，真正让绫波丽独一无二的并非她那看似冷漠的外表，亦非她那令人捉摸不透的性格，而是她体内所蕴含的莉莉丝灵魂。

而名为绫波丽的存在，或许仅仅只是一个承载莉莉丝灵魂的血肉容器罢了。

然而，经过一番深思熟虑之后，洛亚并未对绫波丽的本质问题过多纠结。